Penjikent ist das Verwaltungszentrum des Penjikent-Distrikts in der Sughd-Region Tadschikistans. Die Stadt liegt im Zarafshan-Tal, am linken Ufer des Zarafshan-Flusses, in einer Höhe von 900 Metern über dem Meeresspiegel. Sie befindet sich 48 km östlich von Samarkand, 240 km nordwestlich von Duschanbe und 270 km südwestlich von Chudschand. Penjikent ist bekannt für seine Sehenswürdigkeiten, architektonischen Denkmäler und malerischen Erholungsgebiete entlang des Zarafshan-Flusses.

Der Name der mittelalterlichen Stadt Penjikent ist in sogdischen Manuskripten vom Mugh-Berg sowie auf sogdischen Münzen dokumentiert. Er bedeutet "Stadt Panj" und stammt aus der mittelalterlichen sogdischen Region Panch (Sogd. Pnc), deren Hauptverwaltungszentrum Penjikent war. Der Name wird typischerweise als "Stadt der Fünf" oder "Pentapolis" interpretiert.

In Iwan Sergejews Buch Das Rätsel der geografischen Namen wird erwähnt, dass eine alte Karte des Generalgouvernements Turkestan die Stadt als "Panjshambe" aufführt, was darauf hindeutet, dass der Name sich auf den fünften Wochentag, Donnerstag, bezieht, vermutlich dem Markttag der Stadt.
Fünfzehn Kilometer westlich von Penjikent, nahe der Grenze zu Usbekistan, liegt die alte Siedlung Sarazm, die auf die Neolithische und Bronzezeit (ca. 3400 – spätes 3. Jahrtausend v. Chr.) zurückgeht. Sarazm weist enge kulturelle Verbindungen zu frühen altorientalischen Zivilisationen auf und war das erste landwirtschaftliche Zentrum in Zentralasien nördlich des Amu Darya.

An der südöstlichen Peripherie des heutigen Penjikent befinden sich die Ruinen des antiken Penjikent (5.–8. Jahrhundert), die sich auf einer zweiten Flussterrasse am linken Ufer des Zarafshan-Flusses erstrecken. Diese vorislamische sogdische Stadt entstand während der feudalen Ära Zentralasiens. Ausgrabungen, die 1947 begannen und unter B. I. Marschak (1978–2006) fortgesetzt wurden, brachten eine wohlhabende frühmittelalterliche Stadt mit bemerkenswerten Wandmalereien sogdischer Künstler zutage. Penjikent war ein wichtiges kulturelles Zentrum Zentralasiens, eine befestigte und wohlhabende Stadt sowie ein bedeutender Haltepunkt an der Seidenstraße.
Laut S. G. Chmelnizki könnte der Aufstieg Penjikents als Hauptstadt von Ober-Zarafshan im 5. Jahrhundert (und kurzzeitig als Residenz der sogdischen Ikhshiden) auf eine vorübergehende Schwächung Samarkands zurückzuführen sein, wodurch Teile seiner Bevölkerung in sichere Bergregionen zogen.

In den 7. und 8. Jahrhunderten gehörten zu den bedeutenden Herrschern Penjikents der sogdische Afshin Chekin Chur Bilge (ca. 680–709) und sein Schwiegersohn, der Ikhshid Devashtich (709–722). Während dieser Zeit eroberten die Araber Zentralasien. Devashtich, einer der letzten sogdischen Fürsten, führte einen Aufstand gegen die Eindringlinge, wurde jedoch 722 besiegt, als der Khorasan-Emir Sa'id al-Harashi ihn unter falschem Vorwand aus seiner Burg auf dem Mugh-Berg lockte.
Spätere Aufstände gegen die arabische Herrschaft ereigneten sich in der Region (insbesondere 728–729), und viele Sogdier nahmen am Aufstand ihres Landsmannes An Lushan in China teil. Die Dynastie der sogdischen Ikhshiden wurde schließlich durch den persischen General Abu Muslim im Jahr 750 ausgelöscht.
In antiken Penjikenter Häusern wurden Feuerstellen gefunden, die modernen Sandali ähneln—Kohlengruben im Boden. Zudem existierte ein primitives Heizsystem, bei dem warme Luft durch Öffnungen an der Basis der Wände zirkulierte, um die Räume zu erwärmen.

Das Zarafshan-Tal behielt seinen alten Namen bis ins Mittelalter bei, als es als Sogd von Samarkand bekannt war.
Während des Emirats Buchara war Penjikent das Zentrum des Penjikent-Bekdoms. In der Tadschikischen ASSR wurde es das Verwaltungszentrum des Penjikent-Vilayets.
Eines der herausragenden architektonischen Denkmäler von Penjikent ist das Mausoleum von Muhammad Bashoro (12.–14. Jahrhundert). Es befindet sich 37 km von der Stadt entfernt, in einer malerischen Schlucht der nördlichen Ausläufer des Zarafshan-Gebirges, und stellt ein bedeutendes Beispiel der tadschikischen Architektur dar.

Sechzig Kilometer östlich von Penjikent, im Zarafshan-Tal zwischen den hohen Bergen des Pamir-Alai-Systems, liegt das kleine Dorf Panjrud. Dieses Dorf ist der Geburtsort von Abu Abdullah Jafar ibn Muhammad Rudaki, dem Begründer der tadschikisch-persischen Literatur, Dichter und Musiker.
Die archäologische Erforschung von Penjikent begann 1946 unter der Leitung von A. Yu. Jakubowski als Teil der sogdisch-tadschikischen archäologischen Expedition. Die Stätte umfasst eine befestigte Stadt (Schahristan), eine Zitadelle mit dem Palast des Herrschers (Kuhendiz), Vororte (Rabad) mit einzelnen Anwesen sowie eine Nekropole.
Die Stadt erlebte ihre Blütezeit vom 6. bis zur Mitte des 8. Jahrhunderts. Zu Beginn des 8. Jahrhunderts wurde Penjikent von arabischen Truppen zerstört und in der zweiten Jahrhunderthälfte aufgegeben.
Es wurden zwei Bauphasen identifiziert: Die erste Phase reicht in das 6. Jahrhundert zurück. Die zweite Phase umfasst das 7.–8. Jahrhundert.
Ausgrabungen im Schahristan brachten Überreste von Befestigungsmauern, ein Straßennetz, zwei Tempel und über 100 mehrstöckige Wohnhäuser mit mehreren Räumen sowie Werkstätten und Geschäfte zutage. Die Gebäude wurden aus luftgetrockneten Lehmziegeln und Pakhsa-Blöcken errichtet.
Die Vororte waren von Handwerkern und Landwirten bewohnt. Die Nekropole bestand aus kleinen Krypten (Naus), in denen die Knochen der Verstorbenen in Ossuarien aufbewahrt wurden.

Zu den in Penjikent entdeckten Artefakten gehören Keramik, Metallarbeiten und andere Handwerksprodukte. Es wurden mehrere tausend Bronze- und Silbermünzen gefunden, darunter Münzhorte. Besonders wertvoll sind lokal geprägte sogdische Münzen.
Epigraphische Funde umfassen Keramikscherben mit Inschriften in sogdischer und seltener arabischer Schrift. Ein Fragment eines sogdischen Briefentwurfs enthält einen türkischen Namen, Turkash.
Zahlreiche Kunstwerke wurden entdeckt, darunter Reliefs, Skulpturen aus Ton und Holz, geschnitzte architektonische Dekorationen sowie Wandmalereien in Palästen, Tempeln und Wohnhäusern von Adligen und wohlhabenden Bürgern.

Eine bemerkenswerte Entdeckung in einem der Tempel war ein Skulpturenrelief, das eine Wasserlandschaft darstellt, vermutlich als Symbol für den Zarafshan-Fluss.
Holzschnitzereien wurden während der Zerstörung der Stadt durch Feuer verkohlt, doch konnten einige Holzstatuen und zahlreiche geschnitzte Tafeln mit Szenen und Ornamenten gerettet werden.
Monumentale Wandmalereien zeigen: Feste, Schlachten, Epen, Rituale und Alltagsszenen sowie verschiedene dekorative Motive.
Die künstlerischen Denkmäler Penjikents sind stilistisch und thematisch mit der Kulturerbschaft anderer zentralasiatischer Regionen (wie Varakhsha, Balalyk-tepe) sowie mit der Kunst Indiens, Irans, Afghanistans und Ostturkestans verbunden.
Am 28. November 1938 erhielt das Dorf Penjikent den Status einer Siedlung städtischen Typs und wurde 1953 zur Stadt erhoben.
Gemäß dem allgemeinen Entwicklungsplan wird sich das Gebiet von Penjikent bis 2035 vervierfachen (von 6,86 km² auf 28,34 km²) durch die Eingliederung benachbarter Dörfer, darunter Kabudsang, Navruzteppa, Devashtich, Shurcha, Savr, Zebon, Nuriston, Chorvodor, Chinor, Darvozakam und Siedlungen am rechten Ufer des Zarafshan-Flusses: Sari-Kamar, Vahdat und Ozodagon. Die Stadt wird sich dann über beide Seiten des Zarafshan-Flusses erstrecken.

Der Straßenverkehr ist das wichtigste Transportmittel in Penjikent und die einzige Verbindung zur Regionalhauptstadt Chudschand (270 km entfernt) sowie zur Landeshauptstadt Duschanbe (240 km entfernt). Die Stadt liegt an der Straßenverbindung zwischen Duschanbe und Ayni sowie an der Penjikent-Samarkand-Route in Usbekistan. Während der Sowjetzeit verfügte Penjikent über Luftverbindungen nach Duschanbe und anderen Städten Tadschikistans.
Im Jahr 2015 wurde mit einheimischen und ausländischen Investitionen die gebirgige Ayni-Penjikent-Autobahn rekonstruiert. Die Fertigstellung der Bergtunnel Schachristan und Istiklol (ehemals Anzob) ermöglichte eine ganzjährige Straßenverbindung.